On olemas kolm peamist bioloogilise kahjuritõrje meetodit: säilitav, klassikaline ja täiendav meetod.
Konserveeriv bioloogiline tõrje
Konserveeriv bioloogiline tõrje keskendub looduslike vaenlaste ja kasulike organismide olemasolu suurendamisele keskkonnas, et säilitada tasakaal kahjurite ja nende kiskjate vahel. Uute organismide sissetoomise asemel hõlmab see meetod selliste tingimuste loomist, mis soodustavad olemasolevate kasulike liikide ellujäämist ja aktiivsust. Näiteks istutatakse spetsiaalseid lilli, mis pakuvad peavarju kasulikele putukatele, nagu leediussid ja parasiitputukad. Säilitades ja kasvatades neid looduslikke röövloomi, aitab bioloogiline kaitse aja jooksul kontrollida kahjuripopulatsioone.
Klassikaline bioloogiline tõrje
Klassikaline bioloogiline tõrje hõlmab sissetungivate kahjuriliikide tõrjumiseks mitteresiduvate looduslike vaenlaste, näiteks kiskjate või parasitoidide, sissetoomist. Seda meetodit kasutatakse tavaliselt siis, kui uus kahjuriliik kujutab endast olulist ohtu põllumajandusele või ökosüsteemidele. Teadlased tuvastavad kahjuri looduslikest elupaikadest pärit looduslikud vaenlased, teevad rangeid katseid, et tagada, et need ei kahjusta sihtrühma mittekuuluvaid liike, ning lasevad need seejärel kahjustatud piirkonda. Näiteks aitas austraalia mardika sissetoomine Põhja-Ameerikasse tõrjuda pehmekarva populatsioone. Klassikalise bioloogilise tõrje eesmärk on luua sissetoodud loodusliku vaenlase isemajandav populatsioon, et hoida kahjuripopulatsioonid kontrolli all.
Täiendav bioloogiline tõrje
Täiendav bioloogiline tõrje on kahjuritõrje meetod, mis hõlmab looduslike vaenlaste või kasulike organismide perioodilist keskkonda viimist, et vähendada kahjuripopulatsioone. Erinevalt klassikalisest bioloogilisest tõrjest, mille eesmärk on isemajandavate populatsioonide loomine, keskendub täiendav tõrje lühiajalistele, sihipärastele sekkumistele. Seda meetodit kasutatakse sageli põllumajanduses, et lahendada otseseid kahjuriprobleeme. Näiteks võivad kasvatajad kasvuhoones ämblikulestiku tõrjeks vabastada röövlinnud. Täiendav bioloogiline tõrje võib anda kiireid tulemusi ja on eriti kasulik siis, kui looduslikke vaenlasi ei ole keskkonnas piisavalt, et kahjuripuhangut tõhusalt ohjata.